Η συνεργασία με φορείς και οργανισμούς στη χώρα, καθώς και εκτός αυτής, αποτελεί κομβικό σημείο στην πολιτική του ΟΚΑΝΑ. Συμβάλλει στο συντονισμό μιας ενιαίας φιλοσοφίας και μιας συμβατής με τις σύγχρονες ανάγκες στρατηγικής και οδηγεί στην αποφυγή επικαλύψεων και στην καλύτερη αξιοποίηση των πόρων.

Σε εθνικό επίπεδο ο ΟΚΑΝΑ συνεργάζεται με τα υπουργεία Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης, Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων, Εσωτερικών Δημόσιας Διοίκησης & Αποκέντρωσης, Δικαιοσύνης, Εθνικής Άμυνας, Πολιτισμού, Απασχόλησης & Κοινωνικής Προστασίας, με θεραπευτικούς φορείς, την τοπική αυτοδιοίκηση, πανεπιστημιακά ιδρύματα, το Ελληνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης και Πληροφόρησης για τα Ναρκωτικά (ΕΚΤΕΠΝ), το Ερευνητικό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο Ψυχικής Υγιεινής (ΕΠΙΨΥ) και άλλους φορείς ψυχικής υγείας, επιδιώκοντας μέσα από αυτή τη συνεργασία το συντονισμό των δράσεων για την πρόληψη και την αντιμετώπιση του προβλήματος των ναρκωτικών αλλά και την ενίσχυση της αποτελεσματικότητάς τους.

Σε ευρωπαϊκό και διεθνές επίπεδο ο ΟΚΑΝΑ συνεργάζεται με το Ευρωπαϊκό Κέντρο Παρακολούθησης των Ναρκωτικών και της Τοξικομανίας (EMCDDA), με την Οριζόντια Ομάδα για τα Ναρκωτικά του Συμβουλίου της Ε.Ε., την Ομάδα Pompidou του Συμβουλίου της Ευρώπης, την Ομάδα του Δουβλίνου, με οργανισμούς κρατών-μελών της Ε.Ε. για την υλοποίηση κοινών ευρωπαϊκών προγραμμάτων, καθώς και με την Παγκόσμια Οργάνωση Υγείας και τον Οργανισμό Ηνωμένων Εθνών.